当机体营养素不足（蛋白质、维生素和矿物质）会影响肝脏药酶的合成，干扰药物正常代谢，降低药物效果。同时又还会降低机体对药物的清除能力，增加药物的副作用。
1.蛋白质-能量营养不良对药物代谢的影响
营养不良对药物的影响中，蛋白质的作用最明显。这是因为蛋白质是许多药物在体内代谢的载体。当碳水化合物和脂肪供给能量不足时，蛋白质可作为能量而被分解，这样药物代谢的酶类就会减少，容易引起药物中毒。其次蛋白质可稳定药物的作用，对营养不良患者，若在饮食中增加蛋白质，可减少药物代谢物的排出而稳定药物疗效，如在饮食中增加蛋白质时，左旋多巴的甲基化衍生物排出减少，疗效得以稳定。另外营养不足时，药物转变所需的肝脏药酶减少，增加饮食蛋白质，则可以恢复肝药酶的数量。比如膳食蛋白质缺乏时可以降低细胞色素P450的活性，减缓药物代谢速率和清除率，因而使得巴比妥类药物的副作用时间延长。
2.碳水化合物不足或过量对药物代谢的影响
碳水化合物不足或者过量均可以导致药物的代谢率发生改变。高碳水化合物膳食可以减弱肝酶活性，增强巴比妥类药物的作用。
3.维生素摄入不足对药物代谢的影响
维生素是细胞色P450不可缺少的成分，因此当有维生素缺乏时，可以影响该酶活性。例如维生素C可刺激药物羟化酶的活性，降低药物不良反应。
4.矿物质摄入不足对药物代谢的影响
矿物质也是肝脏药酶的辅助因子，对药物代谢有着重要的影响。例如锌缺乏可以导致细胞色素P450含量减少，苯巴比妥的氧化反应减弱。铁的缺乏也可以引起安替比林的N-去甲基化反应。钴抑制血红蛋白酶类的生物合成，影响依赖血红蛋白类酶系药物的代谢。缺钾者，导致洋地黄中毒风险增加。而钙的增多也会加强洋地黄反应。
