病毒性肠炎一般不需病原治疗，可自愈。肠毒素性细菌性 肠炎一般也不应用抗菌药。侵袭性细菌性肠炎，最好根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。患细菌性痢疾时，因痢疾杆菌对常用抗菌药广泛耐药，一般可选用复方磺胺甲基异唑(复方新诺明)、吡哌酸、庆大霉素、丁胺卡那霉素等。空肠弯曲菌肠炎可用红霉素、庆大霉素、氯霉素等治疗。耶尔森氏小肠结肠炎杆菌肠炎一般应用庆大霉素、卡那霉素、复方磺胺甲基异唑、四环素、氯霉素等。沙门氏菌肠炎轻型病人可不用抗菌药，重型病人可用氯霉素或复方磺胺甲基异唑。侵袭性大肠杆菌性肠炎用新霉素、粘菌素和庆大霉素等治疗，可获良好效果。阿米巴痢疾、雅尔氏鞭毛虫和滴虫引起的肠炎，可用甲硝哒唑(灭滴灵)治疗。血吸虫病可用吡喹酮治疗。白色念珠菌肠炎以制霉菌素口服，疗效较好。伴有全身性真菌感染者，则需应用二性霉素B治疗。
常用方法
补充液体及纠正电解质和酸中毒
轻度脱水而且呕吐不重者，可口服补液，WHO推荐的口服液配方为氯化钠，碳酸氢钠，氯化钾，葡萄糖或蔗糖,加水。脱水或呕吐较重者，可静脉输入生理盐水、等渗碳酸氢钠和氯化钾溶液以及葡萄糖。
减少肠道蠕动和分泌性药物
可小量应用阿托品、颠茄、普鲁本辛以减轻肠道蠕动，可止痛及止泻。也可应用氯丙嗪，有镇静作用，并可抑制肠毒素引起的肠粘膜过度分泌，使大便次数及便量减少。
具体方法
1、禁食1-2天，进行补液、消炎、纠正酸中毒。可采用方法有：·葡萄糖盐水30毫升/千克体重，5%碳酸氢钠2毫升/千克体重，静脉滴注。
a.硫酸卡那霉素3-5万单位/千克体重、地塞米松2-4毫克/千克体重、肌肉注射，2次/日，连续3-5日。
b.庆大霉素1万单位/千克体重，地塞米松2-4万单位/千克体重，肌肉注射，2次/日。
2、有出血症状的可肌肉注射止血敏15-20毫克/千克体重，2次/日。或Vk3 0.2-0.3毫克、Vk1 毫克/千克体重，肌肉注射，2次/日。
3、止吐可用胃复安，1-2毫克/千克体重，肌肉注射，2次/日。
4、寄生虫性肠炎时，除上述疗法外，应给予驱虫药治疗。
常见肠炎药品
整肠生(口服地衣芽孢杆菌胶囊)
【适应 症】本品主要用于细菌或真菌引起的急、慢性肠炎、腹泻。也可用于其它原因(如长期服用广谱抗生素)引起的肠道菌群失调的防治。
肠炎宁糖浆
【适应 症】清热利湿、行气。用于急、慢性胃肠炎、腹泻，细菌性痢疾，小儿消化不良。
肠炎宁片
【功效主治】清热利湿行气用于急慢性胃肠炎腹泻细菌性痢疾小儿消化不良
