人体每日的基础生理活动，包括：1、机体内部的信息传递；2、营养物质的消化吸收；3、机体内部的物资运输；4、生物能的产生和传递；5、机体的自我保护和防御；6、机体损伤的修复；7、排除废物。在这些基础生理活动的支持下，小至细胞层面、大至我们整个机体的功能都能得到维持、巩固以及修复，最终影响我们机体的健康。这些复杂的生理活动哪部分出现故障，都会引起一系列的临床失衡，这些失衡是许多疾病的前兆。
临床医学是从器官系统的角度把疾病分类。而功能医学是从生理生化角度去认识器官系统之间的关系；每个系统内部的关联；这些关联被破坏后导致的疾病发生，例如肠道的消化吸收、肝脏的排毒和免疫系统修复间的联系。我们认为改善患者周围环境，恢复人体基本的生理功能平衡是恢复健康的前提。这比治疗症状更重要，也涉及更多方面。
功能医学从系统生物学的角度把机体的功能紊乱总结为七个生理功能失衡，包括：
1.消化吸收和肠道菌群失衡
2.免疫失衡和炎症
3.解毒和生物转化失衡
4.激素和神经递质失衡
5.氧化还原功功能失衡和线粒体损伤
6.循环运输失衡
7.结构性失衡
这些失衡是临床疾病症状和体征出现前的先兆，出现这些失衡源于器官系统的基本生理过程的功能障碍或缺陷。它们提醒医生要注意功能下降和疾病的发生发展。
