一、要了解每一个机体的生物个性差异性
生物个性化是基于遗传因素的独一性和成长环境等因素共同作用下形成。生物个体差异性就意味着每一个个体都是由特定的生理和生化系统组成。不同个体的基因会对环境中各种输入因子，包括经历、营养、活动、毒素、药物等等产生不同的应答，形成每一个个体独特的生理生化特性，因而形成独一无二的我们每个人。生物个体差异性不是简单的有遗传基因决定也不仅仅是出生时我们独特的基因型中的生化反应的结果。相反，这个普遍存在的多样性是由基因、环境、身体和心理相互作用的结果。
生化个体差异性的决定因素中首先是DNA，而DNA则是在我们还是受精卵的时候就已经形成。所以要讨论生化个体差异性就不能不去理解DNA是怎样被表达和影响的。在功能医学领域，生化个体差异性这个概念很早就被用来定义基因和环境的关系。功能医学整合了分子遗传学、表观遗传学和营养基因组学的部分理论，产生了一套功能基因组学理论，来阐述环境如何影响基因。
功能医学的诊疗方法是对个人的遗传特点，生活方式、饮食习惯、周边的社会环境以及器官和系统的功能评估为基础，评估机体的功能状态，找出疾病发生发展的原因并制定个性化的干预方案。现今的医疗模式，在治疗疾病的时候并没有考虑到每一个病人的个体性差异以及独特的个人需求。二十一世纪的医生需要理解如何评估病人的基因型，如何按不同个体的需求将治疗个性化。
二、以病人为中心，而不是以疾病为中心
临床医学更多的是对症治疗，解决的是疾病的急性期状态，考虑的是如何更快的控制急性期状态，而忽视了疾病的产生更多的是机体的内在平衡被打破的结果，尤其是慢性病的产生。我们对症治疗却不去考虑如何让病人的机体功能恢复到相对平衡的状态，如何避免疾病的复发、加剧、甚至病情的恶化。
功能医学是以患者为中心，强调的是整体观。功能医学反复强调的是：一种功能的平衡可以导致多种疾病的产生；而一种疾病的产生，可能是不同功能失衡的结果。我们举两个例子：现在越来越多的研究证明慢性炎症是所有慢性疾病产生的原因，包括糖尿病、心血管疾病、癌症、慢性炎症疾病、肥胖、中枢神经系统疾病等；而动脉粥样硬化有氧化压力、胰岛素抵抗、高同型半胱氨酸血症、慢性炎症、毒素暴露过多、感染、其它致炎因素、遗传性血脂异常等等的致病因素。同一种疾病，发生在不同个体的身上，病因一定不同，所以我们要寻找的是每个病人自己的病因，然后针对特异化的病因进行个性化干预治疗。
三、病人的生理、心理和精神是一个内外动态平衡的有机整体
功能医学重视内环境稳态，内环境稳态指机体的内环境是处于一个活跃的动态平衡中，机体在不断的动态平衡中实现自我的稳定状态。由于生化特异，每个个体都会极力寻求一个独特的、和谐的、适合于自身的平衡状态。健康源自内在因子和外在因子间的动态平衡，功能医学的主旨就是如何帮助病人恢复机体的动态平衡。
四、人体内部是一个互联网，连接着各个生理要素
临床医学是把疾病按系统分类如心血管疾病、消化系统疾病、神经系统疾病等等，而功能医学研究的是机体的功能平衡，分析的是疾病产生的根本原因，我们把疾病的产生原因归结为生理功能的七个失衡，各生理失衡之间互相联系，互为因果。
五、没有临床疾病的状态不等于健康
传统临床医学存在一个“疾病模式”，这使人们将健康和没有疾病这两个概念等同。在医院，医生会根据各种辅助检查来确诊疾病。然后给于对症的药物治疗。现实中经常会听到经过各种医疗检测后的病人说：“医生说我没病。”尽管听到自己没有被诊断为某种疾病后病人感到宽慰，但同时因为身体确实存在的各种不适症状又令他们困扰。随之而来的就是明显的病态和心理压力，有些患者会因此而奔波于不同的医院间寻找最终的诊断。
这种疾病模式存在的问题在于，它没有承认介于最佳健康和诊断疾病之间的功能紊乱，也就是我们所说的亚健康，亚健康实际就是机体功能紊乱的表现。遵循这个模式的后果是：失去了让病人重返健康的最佳时机，因为当人在这个连续的生命过程中，朝着慢性疾病发展时，再生的潜力就会减少。而等到确诊疾病后才开始制定有意义的治疗方案，对病人健康的恢复往往为时已晚。尤其是那些慢性疾病，整个社会、整个医疗行业也会为此付出很大的代价。
功能医学的核心是健康，而不是疾病。掌握功能医学技能的医生要被训练成合格的生命力检测员，通过体格检查结果、客观实验检测、个体环境的综合评估来评价病人的健康状况。个体生活环境评估一般包括：饮食习惯、空气和水的质量、毒素及感染性物质的接触、锻炼模式、社会人际关系、行为、精神及心理压力管理技巧等。一个全面的功能医学病史需要包括对健康有利及有害的所有行为习惯的调查。机体健康的诊断会通过体格检查和功能医学检测（包括细胞营养水平、肠道有益菌群分析、抗氧化水平、激素代谢物等检测项目）来综合评估。
那些经过临床检测后没有发现疾病，但确实感觉不舒服的病人会从功能医学中受益，因为几大领域的功能障碍都能通过功能医学的支持和恢复性干预措施得到调整和治疗。
六、对于每个患者来说提高器官储备水平，不仅可以带来健康，也可以增加寿命。
器官储备水平是指在遭遇伤害、疾病、创伤、损耗、长期压力以及不良生活方式时，身体的重要器官如心、脑、肺、肝、肾的储备功率。当储备水平下降、器官功能出现退化或障碍时，身体机能就会出现一系列紊乱，引起各种亚健康症状的产生，最终导致疾病的发生。功能医学提倡的是如何通过补充营养、平衡代谢、排除毒素等手段来提高器官的储备水平，使器官功能更加年轻化，从而提高生活的品质，让人健康的老化，而并非因为疾病而老去。
