功能医学起源于二十世纪七八十年代的西方发达国家，是门新兴的医学学科和创新的医学模式，具有坚实的循证医学基础。它不是独立于现代临床医学体系外的另类医学，而是随着生物科技的发展，对人体研究从宏观器官水平，向微观细胞水平、分子生物学水平不断深入，能够揭示环境毒素、不健康生活方式、营养失衡等不同前置因素，引起早期机体生理、生化失衡，逐渐出现器官功能异常改变，功能失衡是最终引起机体病理学改变，即疾病形成的根本原因。
功能医学检测与传统病理学检测时间前移，聚焦于深刻地理解基本的生理生化过程，而失衡的生理生化反应已被科学证实是引起机体功能下降，导致疾病的关键环节。临床医生只有在理解这些临床失衡的本质的基础上才能改变疾病进程，因此必须要了解当前最新医学发展方向并适时更新医学观念和提高相应临床诊疗技能。
功能医学的干预手段与临床医学的药物治疗相比更加强调营养学干预。营养学的研究是从流行病学、生理学，逐步深入到遗传学和分子生物学水平，逐渐认识到营养物质在分子水平的活动，影响着健康和疾病的发生与发展。营养素不但影响细胞的新陈代谢活动，且对内环境稳态的维持起到重要的作用。医学营养干预可以有效地改善细胞环境，抑制致病基因表达。功能医学正是整合了医学营养学、营养基因组学等最新研究成果，通过转化医学，将科学成果应用于临床实践，并取得了可靠疗效。
