以下是功能医学，或自然医学角度出发，治疗小肠细菌过度生长的一些策略，供医生和健康管理工作者参考。
1、骨头汤：连续3-7天和骨头汤（最好用吃草的牛的骨头，散养鸡的骨头，或或者鱼骨，也可以做蔬菜汤）。骨头汤不含碳水化合物，容易消化吸收，不给细菌繁殖创造条件，让小肠的细菌处于饥饿状态，进而饿死细菌。另外，骨头汤排空快，还能起到快速清洁肠道作用。骨头汤是一种给人提供营养素，不贵细菌提供营养的饮食方案。骨头汤富含修复肠膜所必需的脯氨酸和甘氨酸。在这个阶段，还可以同时喝草药茶、有机咖啡、椰子油和酥油等。
2、低FODMAPS饮食：低FODMAPS饮食指的是吃不容易发酵的食物。只吃人可以快速吸收的碳水化合物。在完成骨头汤后阶段，开始连续14天严格遵守低FODMAPS饮食计划。
3、GAPS饮食：在完成低FODMAPS计划后，在接下来的14天内进入低FODMAP GAPS饮食计划，这时可以开始增加一些发酵食品和饮料。
4、缓慢回归正常饮食：在结束GAPS饮食后，缓慢地逐渐增加高发酵的食物，回归正常饮食。料地图组食物添加回你的系统。先连续3天添加一种新的食物，如鳄梨等，看看是否产生更多的气体，加重症状或出现其它消化道症状或消化和吸收的问题。如果发生产气和症状加重，应去掉这些新增加的食物，回到GAPS-FODMAP饮食2-3天，然后再尝试另一种食物高FODMAP食物（如洋葱、白薯等）。
5、多饮水：在这一时期，特别要注意水合作用和电解质。注意多饮水和保持水平衡。大多数小肠细菌过度生长患者对大量的水反应非常好，因为它有助于清除系统中的有害细菌。最好喝含有接近生理盐水浓度的水，最好可以加一些海盐，以帮助维持身体内的电解质平衡。
6、使用有机酸：小肠细菌过度生长患者通常对少量有机酸（如苹果醋和柠檬汁）反应良好。把这些加到水或草药茶里。这些酸有助于杀死细菌，提高消化液的产量，如盐酸、胆汁和胰腺酶。最好在餐间和餐前饮用，以提高消化功能。
7、断续禁食或轻断食：让小肠细菌过度生长患者每餐之间间隔6-8小时。禁食期间有助于使细菌挨饿并减少它们的数量。它也有助于促进愈合过程和肠道内衬的恢复。
8、液体营养：我建议食用含浆果、椰奶或生的、食草的牛的奶、优质蛋白粉等。也可以用汤、炖菜、骨肉汤、蔬菜汁、花草茶和咖啡，还有椰子油和草食酥油等。此外，在此期间还可以喝一些椰子，吃水开胃菜和泡菜或泡菜汁等。液体营养对消化系统很容易，并且可以减轻胃、肝、胆囊、胰腺和肠道的压力，增强了身体的愈合过程。
9、发酵食品：慢慢加入发酵蔬菜，如有机和活泡菜、泡菜、天然泡菜、酸奶等。一天吃几汤匙，特别是在主餐时特别有用。
10、拔油：用椰子油和一滴精油拔油特别有用。这个过程减少了体内的微生物负荷，提高了免疫力。
11、运动和保持经常晒太阳：有规律地运动，特别是低强度运动，如散步，有助于减少体内炎症和改善排便。经常晒太阳，通过皮肤吸收日光，增强身体愈合过程。另外，阳光照射提供维生素D3，促进肠粘膜愈合。
12、改善肠道动力：促进胃肠蠕动，加速排空食物残渣和小肠细菌，促进排毒。
13、促进消化的药品和食品：对有轻微的小肠细菌过度生长症状的人，可以通过改善消化减轻症状。
14、使用高级小肠细菌过度生长支持补充计划：对有中度严重的小肠细菌过度生长的病人，建议使用高级小肠细菌过度生长支持补充计划，并强烈考虑与受过自然医学防范训练的自然医生合作，帮助人们自然克服小肠细菌过度生长。
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