公立医院特许经营模式的正式起步对于医疗市场并不是兴奋剂，对体制外医疗服务的发展也很难带来较大的改观，只能作为一种特殊的经营模式而存在于市场，且高度受制于政策，很难成为未来主流的发展模式，也无法成为撬动医疗服务市场化的基石。
本质上来说，特许经营只是合法化的公立医院自我扩张的盈利性工具。通过与资本的结合，公立医院可以较为容易的摆脱非营利性的束缚，通过特许经营的分院获取进一步的收益。但这并不是公立医院特许经营模式的主要困境。这种模式的核心困境在于其自身的可扩展性过弱，不仅自身难以获得发展，更不可能成为推动医疗市场化发展的重要动力。下面就公立医院的特许经营模式做一简要的分析。
首先，公立医院的特许经营模式短期内可以获得不错的发展，但长期会形成依赖，难以发展自身的特色和优势。公立医院的特许经营虽然是一种新的尝试，但在中国民营医疗市场早已经发展出类似的但规避体制限制的模式——院旁院模式。所谓的院旁院就是在知名公立医院边上开设体制外医疗机构，民营医院主要的服务方来自公立医院。目前来看，新世纪儿童医院是最成功的院旁院实践者，早已不再局限于北京，而是向全国拓展。但无论是院旁院还是特许经营，这类模式最大的制约仍在其依赖性上。
表明看来，公立医院的优质资源特别是优质的医生资源将直接向体制外输出，能够有效带动体制外的医疗服务发展。但体制外医院在获得优质的品牌和技术的同时，也同时意味着高度依赖于公立医院的输血和支持。其一，这是一种高风险的模式，一旦发生合作方退出的可能性，体制外医疗机构的抗风险能力是基本没有的。其二，依赖公立医院也意味着这类医院如要发展自身的特色业务会非常困难。由于公立医院在合作医院内的强势地位，其很难允许合作医院去发展其他特色，从而形成对公立资源的可替代性。即使允许其他特色发展，由于合作医院已经被单独一家公立医院捆绑，其他优秀人才很难真正融入这一体系，遑论其他优秀公立医院的合作。
其次，特许经营模式的政策资源限制性非常强，难以大规模快速复制。由于特许经营是捆绑在一家医院之上，受制于中国医院的属地化管理，如果要扩展到其他地区，也意味着需要去其他地区和当地政府或当地医院展开合作，这是一个耗时耗力的工作，各个利益体的诉求在其中都不相同。与纯粹的民营医院相比，这类模式在前期的沟通成本要远高于民营机构，这也意味着其整体的发展将非常的缓慢，甚至比院旁院还要缓慢的多。
而且，既然是政策性资源，也意味着不确定性很强。与院旁院相比，特许经营模式的政策风险要高很多，时时受制于政策的变化。从目前北京出台的相关文件来看，特许经营的收入和利润分配仍存在诸多不确定因素，这进一步制约了其成为体制外医疗服务模式可选择模式的可能。
再次，正如院旁院的模式一样，特许经营模式将加剧医疗资源的进一步不平衡，难以改善医疗资源的均等化和扩大医疗服务的可及性。从初期来看，公立医院向体制外医院输出技术和品牌只是将医疗资源平移而非扩大优质资源，这将在短期内加剧医疗资源的不平衡，使得优质医疗资源更多的只为少数人提供服务。不过如果能在同时加大对人才的培养和训练，就长远来看，这种模式确实能带动医疗资源的扩展，哪怕只是服务于少数人。但从近年来公立医院分院的实践来看，也从院旁院的发展来看，人才的培养并没有很好的跟上，这些分院仍然极度匮乏优质医生。因此，特许经营能否培养成人才梯队仍然存疑。
最后，从长期的竞争力来看，特许经营模式不具备优势。由于受制于合作方，难以大规模扩张，人才梯队如果也不能及时补充跟上，特许经营模式最终将无法应对未来市场的竞争，只能沦为公立医院扩张的工具，而无法真正参与到医疗服务市场的竞争。就长期来看，民营的基础医疗机构将率先获得发展，在快速布点和联手中端商业医疗保险的发展之后，最终带动民营医院的发展。但这种模式更强调自身的造血功能，而非依赖于公立医院的优质医疗资源，与公立医院更多的是分工合作而非趋同，这是与特许经营模式背后趋同理念有着明确的分歧，也是判断体制外医疗机构能否获得长期发展的重要因素。
